运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入源码包位置。

   cd /path/to/tassel/tassel-5-standalone

3. 执行以下命令计算kinship矩阵。

   ./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -ck -export kinship.txt

4. 执行以下命令计算LD分析。

   ./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -ld -ldd png -o chr_5000sites_ld.png
   ./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -ld -export LD_5000sites

5. 执行以下命令提取染色体。
   • 提取每条染色体。

     ./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -separate -export chromosome

   • 提取1和3号染色体。

     ./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -separate 1,3 -export chromosome

6. 执行以下命令做MLM分析。

   ./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -filterAlign -filterAlignMinFreq 0.05 -fork2 -r TASSELTutorialData/data/mdp_traits.txt -fork3 -q TASSELTutorialData/data/mdp_population_structure.txt -excludeLastTrait -fork4 -k TASSELTutorialData/data/mdp_kinship.txt -combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect -combine6 -input5 -input4 -mlm -export lilibei -runfork1 -runfork2 -runfork3 -runfork4