安装Bowtie2

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入Bowtie2安装目录。

   cd /path/to/BOWTIE2

3. 执行以下命令解压Bowtie2源码包。

   unzip bowtie2-2.3.5.1-source.zip

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd bowtie2-2.3.5.1

5. 执行以下命令解压SIMDe。

   unzip simde-master.zip

6. 执行以下命令将SIMDe的文件拷贝到Bowtie2中。

   cp -a simde-master/simde bowtie2-2.3.5.1/third_party/simde/

7. 执行以下命令确认“bowtie2-2.3.5.1/third_party/simde/simde/x86/sse2.h”文件存在。

   cd /path/to/BOWTIE2/bowtie2-2.3.5.1/third_party/simde/simde/x86

   -rw-r--r-- 1 root root 99060 Aug  5 04:12 sse2.h

8. 执行以下命令进入“bowtie2-2.3.5.1”目录。

   cd /path/to/BOWTIE2/bowtie2-2.3.5.1

9. 执行以下命令进行编译。

   make NO_TBB=1 POPCNT_CAPABILITY=0 all

10. 执行以下命令加载环境变量。

    export PATH=/path/to/BOWTIE2/bowtie2-2.3.5.1:$PATH