编译和安装
操作步骤
- 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
- 执行以下命令进入TOPHAT2目录。
cd /path/to/TOPHAT2
- 执行以下命令解压TopHat2安装包。
tar xvf tophat-2.1.1.tar.gz
- 准备一个“Patch”文件，将以下内容复制到“tophat.patch”文件中，与“tophat-2.1.1”目录在同一目录。
- 执行以下命令创建“tophat.patch”文件。
vi tophat.patch
- 按“i”进入编辑模式，新增如下内容。
diff -uBw -aur tophat-2.1.1/src/juncs_db.cpp tophat-2.1.1-patched/src/juncs_db.cpp --- tophat-2.1.1/src/juncs_db.cpp 2016-02-14 19:21:17.354079000 +0100 +++ tophat-2.1.1-patched/src/juncs_db.cpp 2016-06-02 11:26:34.097425159 +0200 @@ -338,7 +338,7 @@ uint32_t left_coord = atoi(scan_left_coord); uint32_t right_coord = atoi(scan_right_coord); bool antisense = *orientation == '-'; - junctions.insert(make_pair<Junction, JunctionStats>(Junction(ref_id, left_coord, right_coord, antisense), JunctionStats())); + junctions.insert(make_pair(Junction(ref_id, left_coord, right_coord, antisense), JunctionStats())); } } diff -uBw -aur tophat-2.1.1/src/tophat_reports.cpp tophat-2.1.1-patched/src/tophat_reports.cpp --- tophat-2.1.1/src/tophat_reports.cpp 2016-02-23 22:20:44.320710000 +0100 +++ tophat-2.1.1-patched/src/tophat_reports.cpp 2016-06-02 11:26:22.057239478 +0200 @@ -2705,7 +2705,7 @@ junction_stat.gtf_match = true; junction_stat.accepted = true; - gtf_junctions.insert(make_pair<Junction, JunctionStats>(Junction(ref_id, left_coord, right_coord, antisense), junction_stat)); + gtf_junctions.insert(make_pair(Junction(ref_id, left_coord, right_coord, antisense), junction_stat)); } } fprintf(stderr, "Loaded %d GFF junctions from %s.\n", (int)(gtf_junctions.size()), gtf_juncs.c_str()); - 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
- 执行以下命令创建“tophat.patch”文件。
- 执行以下命令安装Patch。
patch -Np0 -i tophat.patch
- 执行以下命令进入解压后的目录。
cd tophat-2.1.1
- 执行以下命令进行配置。
./configure --prefix=/path/to/TOPHAT2 --with-boost=/path/to/BOOST
- 执行以下命令进行编译安装。
make -j 1 make install