运行验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令，设置环境变量。

   export PATH=/path/to/SAMTOOLS/bin:$PATH
   export PATH=/path/to/SALMON/bin:$PATH
   export PATH=/path/to/JELLYFISH/bin:$PATH
   export PATH=/path/to/BOWTIE2/bowtie2-2.3.5.1:$PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/PYTHON/lib:$LD_LIBRARY_PATH
   export PATH=/path/to/PYTHON/bin:$PATH
   export PATH=/path/to/TRINITY/trinityrnaseq-2.11.0:$PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/HTSLIB/lib:$LD_LIBRARY_PATH

3. 执行以下命令，进入算例目录并解压算例。

   cd /path/to/CASE
   gzip -d SRR3050898_1.fastq.gz && gzip -d SRR3050898_2.fastq.gz

4. 执行以下命令调整JAVA最大Heap的大小为30G。

   sed -i 's/bflyHeapSpaceMax = "10G"/bflyHeapSpaceMax = "30G"/g' /path/to/TRINITY/trinityrnaseq-2.11.0/Trinity

5. 执行以下命令，运行算例。

   { time Trinity --seqType fq --left SRR3050898_1.fastq --right SRR3050898_2.fastq --CPU 128 --max_memory 200G --output trinity_kp_`date '+%Y%m%d%H%M%S'`; } 2>&1 | tee -a `hostname`_`date '+%Y%m%d%H%M%S'`.log

   结果样例如图1所示。

   图1 样例结果