编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入Python虚拟环境。

   cd /path/to/athena_meta/
   python -m pip install virtualenv

   python -m virtualenv .env

   source .env/bin/activate

3. 执行以下命令添加环境变量。

   vi ~/.bashrc

   在打开的文件后追加。

   export ATHENA_HOME=/path/to/athena_meta/dependences
   export PATH=$ATHENA_HOME/idba-1.1.3a1/bin:$PATH
   export PATH=$ATHENA_HOME/samtools-1.16.1/bin:$PATH
   export PATH=$ATHENA_HOME/htslib-1.16/bin:$PATH
   export PATH=$ATHENA_HOME/minimap2:$PATH
   export PATH=$ATHENA_HOME/bwa-0.7.17:$PATH
   export PATH=$ATHENA_HOME/flye-2.31/bin:$PATH

   按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

4. 执行以下命令使修改生效。

   source ~/.bashrc

5. 执行以下命令编译安装。

   cd athena_meta

   pip install .