安装hdf5

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令下载hdf5安装包。

   cd /path/to/hdf5
   wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.12/hdf5-1.12.0/src/hdf5-1.12.0.tar.gz

3. 执行以下命令解压安装包。

   tar xf hdf5-1.12.0.tar.gz
   cd hdf5-1.12.0

4. 执行以下命令生成makefile。

   CC=mpicc CXX=mpicxx FC=mpif90 F77=mpif90 ./configure --prefix=/path/to/hdf5 --enable-fortran --enable-static=yes --with-zlib=/usr/lib --enable-parallel --enable-shared CFLAGS="-O3 -fPIC -Wno-incompatible-pointer-types-discards-qualifiers -Wno-non-literal-null-conversion" FCFLAGS="-O3 -fPIC" LDFLAGS="-Wl,--build-id"

5. 执行以下命令修改相关文件。

   sed -i '11835c wl="-Wl,"' libtool

6. 执行以下命令编译安装。

   make -j
   make install

7. 执行以下命令设置环境变量。

   export HDF5_PATH=/path/to/hdf5
   export PATH=${HDF5_PATH}/bin:$PATH
   export LD_LIBRARY_PATH=${HDF5_PATH}/lib:$LD_LIBRARY_PATH
   export INCLUDE=${HDF5_PATH}/include:$INCLUDE