介绍

MEME Suite支持基于基序的DNA、RNA和蛋白质序列分析。您还可以将它与您定义的新颖序列字母的序列一起使用。该套件提供了使用概率 (MEME) 和离散模型 (STREME) 的主题发现算法，它们具有互补的优势。它还允许发现具有任意插入和删除的基序 (GLAM2)。MEME Suite提供了三种用于基序富集分析的工具——测量序列集中已知基序的富集度。基序富集可以在序列中的任何位置（SEA、AME），或集中在序列的中心区域（CentriMo）。该套件还提供了一种用于测量图案之间相似性的算法 (Tomtom)。这三种类型的分析在两个MEME Suite工具（XSTREME和MEME-ChIP）中组合在一个管道中，它们在一般序列 (XSTREME) 或ChIP-seq峰 (MEME-ChIP) 中执行全面的基序分析。除了基序发现之外，MEME套件还提供了用于扫描序列以查找基序匹配的工具（FIMO、MAST和GLAM2Scan）、扫描基序簇 (MCAST)、找到基序之间的首选间距 (SpaMo)、预测基序的生物学作用(GOMo)，并预测转录因子的调控目标。

关于MEME的更多信息请访问MEME官网。

开发语言：C。

一句话描述：基于基序的DNA、RNA和蛋白质序列分析工具。

开源协议：GPL 3.0。