编译和安装

操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
执行以下命令进入主程序安装目录。
```
cd /path/to/SVIM
```

执行以下命令创建虚拟Python环境。

python -m venv test
python3 -m venv test
source test/bin/activate

执行以下命令安装依赖。

pip install --upgrade pip --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple
pip install matplotlib --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple
pip install  pysam scipy edlib scikit-build --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple

执行以下命令下载pyspoa安装包。

git clone --recursive https://github.com/nanoporetech/pyspoa.git

执行以下命令进入pyspoa安装目录。
```
cd pyspoa
```
执行以下命令安装pyspoa依赖。
```
pip install -r requirements.txt
```

执行以下命令修改配置文件。

sed -i 's/-msse4.1//g' `grep -rl 'msse4.1'`

执行以下命令安装pyspoa。
```
make build
```
执行以下命令进入SVIM安装目录。
```
cd ../vim
```
执行以下命令安装SVIM 。
```
pip install .
```

父主题： svim 移植指南（Kylin V10）