编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令使用Yum安装依赖包。

   yum install cmake* flex* bison* bison* -y

3. 执行以下命令进入“/path/to/AMBER”目录。

   cd /path/to/AMBER

4. 执行以下命令解压安装包。

   tar -xvf AmberTools21.tar.bz2

5. 执行以下命令进入解压后目录。

   cd amber20_src

6. 执行以下命令修改编译器选项。
   1. 打开编译器。

      vim amber20_src/cmake/AmberCompilerConfig.cmake

   2. 按“i”进入编辑模式，将第136行的“gfortran”修改为“flang”。
      

      执行6.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
7. 执行以下命令进入AMBER的“build”目录。

   cd amber20_src/build

8. 执行以下命令修改“run_cmake”文件的配置选项。
   1. 打开“run_cmake”文件。

      vi run_cmake

   2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

      #  Assume this is Linux:
        CFLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
      CXXFLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wno-c++11-narrowing -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
      FCFLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -I/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/include -L/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/lib -fuse-ld=lld" \
      cmake $AMBER_PREFIX/amber20_src \
       -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$AMBER_PREFIX/amber20 \
       -DCOMPILER=CLANG  \
       -DMPI=TRUE -DCUDA=FALSE -DINSTALL_TESTS=TRUE \
       -DDOWNLOAD_MINICONDA=FALSE -DMINICONDA_USE_PY3=FLASE \
       -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
       -DCMAKE_C_FLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
        -DCMAKE_CXX_FLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wno-c++11-narrowing -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
        -DCMAKE_Fortran_FLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -I/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/include -L/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/lib -fuse-ld=lld" \
         2>&1 | tee  cmake.log

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
9. 执行以下命令修改“se_etimer.F”配置文件。
   1. 打开“se_etimer.F”配置文件。

      vi ../../amber20_src/AmberTools/src/sebomd/se_etimer.F

   2. 按“i”进入编辑模式，注销第28行的内容“tnow = 0.01*mclock()”，并新增如下内容。

      call cpu_time(tnow)

      

      执行9.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
10. 执行以下命令编译AmberTools。

    ./run_make

11. 执行以下命令进行安装。

    make install

12. 执行以下命令配置环境变量。

    source /path/to/AMBER/amber20/amber.sh