编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入BWA安装包所在目录。

   cd /path/to/BWA

3. 执行以下命令解压BWA安装包。

   tar -xvf bwa-0.7.17.tar.bz2

4. 执行以下命令进入解压后的目录。

   cd bwa-0.7.17

5. 执行以下命令获取“SSE2NEON.h”文件。

   git clone https://github.com/jratcliff63367/sse2neon.git

6. 执行以下命令将“SSE2NEON.h”拷贝到编译器的安装目录下。

   cp SSE2NEON.h /opt/compiler/bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux/lib/clang/10.0.1/include

   

   请用户根据实际情况修改编译器路径，并严格按照文档写出的路径进行添加、调整，否则将报错。

7. 执行以下命令修改BWA的“Makefile”文件。
   1. 打开“Makefile”文件。

      vi Makefile

   2. 按“i”进入编辑模式，修改“Makefile”文件的第1行和第14行的内容。

      CC=clang
      INCLUDES= -I/opt/compiler/bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux/lib/clang/10.0.1/include

      

      执行7.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
8. 执行以下命令修改“ksw.c”文件。
   1. 打开“ksw.c”文件。

      vi ksw.c

   2. 按“i”进入编辑模式，去掉“ksw.c”文件的第29行原内容的注释（使用：/* */ 注释），并编辑如下内容。

      #include <SSE2NEON.h>

      

      执行8.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
9. 执行以下命令进行编译。

   make

10. 执行以下命令加载BWA环境。

    export PATH=/path/to/BWA/bwa-0.7.17:$PATH

11. 编译完成后执行以下命令，查看编译是否成功。

    bwa

    回显信息中显示如下内容，表示编译成功。

    Usage:   bwa <command> [options]