运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入工作路径。

   cd /path/to/CASE

3. 执行以下命令获取算例。

   wget https://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR104/008/ERR1044518/ERR1044518_1.fastq.gz
   wget https://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR104/008/ERR1044518/ERR1044518_2.fastq.gz
   wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz -O hs38DH.fasta

4. 执行以下命令解压算例文件。

   gzip -d ERR1044518_1.fastq.gz
   gzip -d ERR1044518_2.fastq.gz

5. 执行以下命令创建索引文件。

   bwa index -a bwtsw hs38DH.fasta

6. 执行以下命令运行测试。

   bwa mem -t 128 hs38DH.fasta ERR1044518_1.fastq ERR1044518_2.fastq > bwa.sam 2>&1 |tee bwa_log

   

   “128”表示使用的核心数，请用户根据机器配置进行更改。

   查看“bwa_log”日志中的“Real time”数值，单位是“s”，数值越少性能越优。