运行和验证
操作步骤
- 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
- 执行以下命令创建工作目录。
mkdir -p /path/to/CASE
- 执行以下命令进入工作目录并将算例和二进制文件拷贝到工作目录。
cd /path/to/CASE cp /path/to/LAMMPS/lammps-5Jun19/bench/in.lj ./ cp /path/to/LAMMPS/lammps-5Jun19/src/lmp_mpi ./
- 执行以下命令进行运行。
- CentOS系统上运行单节点指令。
mpirun --allow-run-as-root -np 96 --mca btl ^openib ./lmp_mpi -in in.lj >>test_OneNode.log
- openEuler系统上运行单节点指令。
mpirun --allow-run-as-root -np 96 -mca pml ucx -mca btl ^vader,tcp,openib,uct -x UCX_TLS=self,sm --bind-to core --map-by socket --rank-by core -x UCX_BUILTIN_BCAST_ALGORITHM=3 -x UCX_BUILTIN_BARRIER_ALGORITHM=5 -x UCX_BUILTIN_ALLREDUCE_ALGORITHM=10 ./lmp_mpi -in in.lj >> ./test_OneNode.log
将结果输出到“test_OneNode.log”日志中（当前目录），查看的“Performance”数值，单位是“timesteps/s”，数值越高性能越优。
测试结果样例如下所示。
Performance: 1134386.210 tau/day, 2625.894 timesteps/s 99.7% CPU use with 96 MPI tasks x no OpenMP threads MPI task timing breakdown: Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total --------------------------------------------------------------- Pair | 0.021651 | 0.023624 | 0.025878 | 0.6 | 62.03 Neigh | 0.002734 | 0.0029155 | 0.0031491 | 0.2 | 7.66 Comm | 0.007533 | 0.010058 | 0.012192 | 1.1 | 26.41 Output | 5.6281e-05 | 0.00050681 | 0.00062442 | 0.0 | 1.33 Modify | 0.00056003 | 0.00061947 | 0.00070919 | 0.0 | 1.63 Other | | 0.0003584 | | | 0.94
- CentOS系统上运行双节点指令。
mpirun --allow-run-as-root -np 192 -N 96 -x PATH=$PATH -x LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH -machinefile machinefile --mca btl ^openib ./lmp_mpi -in in.lj >> ./test_TwoNodes.log
machinefile文件中放入自己指定的两个计算节点的主机名（如n1和n2），如图所示。
- openEuler系统上运行双节点指令。
mpirun --allow-run-as-root -np 192 -N 96 -machinefile machinefile -x PATH=$PATH -x LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH -mca pml ucx -mca btl ^vader,tcp,openib,uct --bind-to core --rank-by core ./lmp_mpi -in in.lj >> ./test_TwoNodes.log
machinefile文件中放入自己指定的两个计算节点的主机名（如n1和n2），如图所示。
将结果输出到“test_TwoNodes.log”日志中（当前目录），查看的“Performance”数值，单位是“timesteps/s”，数值越高性能越优。
测试结果样例如下所示。
Performance: 1605508.300 tau/day, 3716.454 timesteps/s 91.0% CPU use with 192 MPI tasks x no OpenMP threads MPI task timing breakdown: Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total --------------------------------------------------------------- Pair | 0.01035 | 0.01174 | 0.013347 | 0.6 | 43.63 Neigh | 0.0013662 | 0.0014931 | 0.0016205 | 0.1 | 5.55 Comm | 0.01112 | 0.012935 | 0.014469 | 0.6 | 48.07 Output | 7.3471e-05 | 0.00010074 | 0.00017455 | 0.0 | 0.37 Modify | 0.00023517 | 0.00032949 | 0.00040742 | 0.0 | 1.22 Other | | 0.0003095 | | | 1.15
表1 参数说明 参数
说明
-np
MPI运行的总进程数。
-N
每个节点上运行的进程数。
-machinefile
使用的节点名字。
- 双节点算例运行在共享目录中，若在配置编译环境配置编译中已配置PATH，LD_LIBRARY_PATH环境变量，则无需再配置。
- 若没有开启超线程技术，np值应该小于等于节点数乘以每个节点CPU核数。
- n1和n2为hostname。
- CentOS系统上运行单节点指令。