编译和安装

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入安装目录。

   cd /path/to/NAMD

3. 执行以下命令创建并进入主程序安装目录。

   mkdir NAMD-2.13
   cd NAMD-2.13

4. 执行以下命令创建“build”目录。

   mkdir build install

5. 执行以下命令进行配置。

   export BUILD_DIR=/path/to/NAMD/NAMD-2.13/build
   export INSTALL_DIR=/path/to/NAMD/NAMD-2.13/install

6. 执行以下命令设置编译器环境变量（若设置失败可使用绝对路径）。

   export CC=mpicc
   export CXX=mpicxx
   export FC=mpif90

7. 执行以下命令进入“build”文件夹。

   cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build

8. 将Charm压缩包上传至“build”文件夹下。
9. 执行以下命令安装Charm。

   tar -xvf charm-6.9.0.tar.gz
   cd charm-6.9.0
   mkdir ${INSTALL_DIR}/charm690/
   cp src/arch/mpi-linux-x86_64 src/arch/mpi-linux-arm8 -rf
   grep -rl 'm64' src/arch/mpi-linux-arm8 | xargs sed -i 's/\-m64//g'
   ./build charm++ mpi-linux-arm8 smp --with-production --destination=/path/to/NAMD/NAMD-2.13/install/charm690/mpi-linux-arm8

10. 执行以下命令进入“build”文件夹。

    cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build

11. 执行以下命令解压NAMD安装包。

    tar -zxvf NAMD_2.13_Source.tar.gz

12. 执行以下命令进入解压后目录。

    cd NAMD_2.13_Source

13. 执行以下命令进行Linux-ARM64.fftw3更名。

    cp arch/Linux-x86_64.fftw3 arch/Linux-ARM64.fftw3

14. 执行以下命令进入“NAMD-2.13”目录。

    cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13

15. 利用SFTP工具上传tcl压缩包至当下目录。
16. 执行以下命令解压tcl文件。

    tar -xzvf tcl8.5.9-linux-arm64-threaded.tar.gz

17. 执行以下命令修改“Make.charm”文件。
    1. 打开“Make.charm”文件。

       cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source
       vi Make.charm

    2. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

       CHARMBASE = /path/to/NAMD/NAMD-2.13/install/charm690

    3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
18. 执行以下命令修改“Linux-ARM64-g++.arch”文件。
    1. 打开“Linux-ARM64-g++.arch”文件。

       cd /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source
       vi arch/Linux-ARM64-g++.arch

    2. 按“i”进入编辑模式，编辑如下内容。

       NAMD_ARCH = Linux-ARM64
           CHARMARCH = mpi-linux-arm8
           #FLOATOPTS = -O2 -ffast-math -funsafe-math-optimizations -fomit-frame-pointer -mcpu=cortex-a9 -mtune=cortex-a9
           FLOATOPTS = -O2 -ffast-math -funsafe-math-optimizations -fomit-frame-pointer 
           CXX = clang++
           CXXOPTS = $(FLOATOPTS)
           CXXNOALIASOPTS = $(FLOATOPTS) -fno-strict-aliasing
           CC = clang
           COPTS = $(FLOATOPTS)

    3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
19. 执行以下命令配置NAMD。

    ./config Linux-ARM64-g++ --with-fftw3 --fftw-prefix /path/to/FFTW --with-tcl --tcl-prefix /path/to/NAMD/NAMD-2.13/tcl8.5.9-linux-arm64-threaded --charm-arch mpi-linux-arm8

20. 执行以下命令进入“Linux-ARM64-g++”目录。

    cd Linux-ARM64-g++

21. 执行以下命令编译安装NAMD。

    make

22. 执行以下命令查看是否生成可执行文件。

    ls /path/to/NAMD/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source/Linux-ARM64-g++/namd2

    若有“namd2”文件，则表示编译成功。