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运行和验证

  • 运行时指定的进程数需要根据服务器配置而改变。
  • 多节点运行时需要进行网络环境配置：
    • 在“/etc/hosts”中添加多台服务器的IP与hostname。
    • 配置多台服务器间的SSH免密登录。
    • 关闭防火墙，并使客户端与服务器之前保持不断开状态。

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令进入工作路径。
    cd /path/to/NEMO/NEMO/releases/release-3.6/NEMOGCM/CONFIG/MY_AMM12/EXP00
  3. 上传AMM12_v3.6.tar到/path/to/NEMO/NEMO/releases/release-3.6/NEMOGCM/CONFIG/MY_AMM12/EXP00。
  4. 执行以下命令解压。
    tar -vxf AMM12_v3.6.tar
gunzip *.gz */*.gz
rm domain_def.xml field_def.xml namelist_ref -f
ln -s ../../SHARED/domain_def.xml ./domain_def.xml
ln -s ../../SHARED/field_def.xml ./field_def.xml
ln -s ../../SHARED/namelist_ref ./namelist_ref
  5. 执行以下命令创建“host”文件。
    1. 创建“host”文件。 
      vi hostfile
    2. 按“i”进入编辑模式，新增如下内容。 
      node1
node2
    3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
  6. 执行以下命令运行NEMO程序。
    { time mpirun --allow-run-as-root -np 16 -N 8 -hostfile hostfile --mca btl ^openib ./opa ; } 2>&1 | tee -a NEMO.log
    表1 参数说明

    参数

    说明

    -np

    测试使用的总进程数。

    -N

    每个服务器上运行的进程数。

    --hostfile

    使用的节点名字。

    去掉 --hostfile参数即可单节点运行。

    当NEMO生成的日志“ocean.output”的结尾处出现如下图所示内容时，表示NEMO程序运行正常结束。

    需要查看“NEMO.log”日志中的“real”数值，单位是s，数值越高性能越低。