安装HDF5

HDF5系列组件源码包中若“configure”文件指定GNU使用O3优化，则需在执行1之前添加以下优化选项，详见4。
```
export optflags="-O3"
export ldflags="-Wl,--build-id"
export threads=$(nproc)
```

若“configure”文件指定非GNU不使用优化，则无需添加优化选项。

操作步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
执行以下命令解压HDF5安装包。
```
tar -zxvf hdf5-1.10.5.tar.gz
```
执行以下命令进入解压后的目录。
```
cd hdf5-1.10.5
```

执行以下命令进行编译配置。

CC=mpicc CFLAGS="$optflags -fPIC -Wno-incompatible-pointer-types-discards-qualifiers -Wno-non-literal-null-conversion" FC=mpif90 FCFLAGS="$optflags -fPIC" FFLAGS="$optflags -fPIC" LDFLAGS="$ldflags" CXX=mpicxx ./configure --prefix=/path/to/HDF5 --enable-shared --enable-static --enable-fortran --enable-parallel --enable-optimization=high

执行以下命令合入patch包。
```
patch -p1 < libtool.patch
```

新建并编辑“libtool.patch”文件。

新建“libtool.patch”文件。
```
vi libtool.patch
```

按“i”进入编辑模式，添加如下内容。

diff -ruN hdf5-1.10.1/libtool hdf5-1.10.1-new/libtool
--- hdf5-1.10.1/libtool 2019-12-02 20:02:56.270676503 +0000
+++ hdf5-1.10.1-new/libtool 2019-12-02 20:03:05.062708034 +0000
@@ -11832,7 +11832,7 @@
 pic_flag=""
 # How to pass a linker flag through the compiler.
-wl=""
+wl="-Wl,"
 # Compiler flag to prevent dynamic linking.
   link_static_flag=""

按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

执行以下命令进行编译安装。
```
make -j$threads
```
```
make install
```
执行以下命令验证是否安装成功。
```
ls /path/to/HDF5/lib
ls /path/to/HDF5/bin
```
回显显示如下信息，则表示安装成功。

执行以下命令加载环境变量。

export PATH=/path/to/HDF5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/HDF5/lib:$LD_LIBRARY_PATH

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