运行和验证
操作步骤
- 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
- 执行以下命令创建并进入工作路径。
mkdir -p /path/to/CASE cd /path/to/CASE
- 准备测试算例“vasp-small.gz”,并且将其拷贝至“/path/to/CASE”目录。
- 执行以下命令部署测试算例。
cd /path/to/CASE tar -vxf vasp-small.gz cd vasp.Hg mv IN-long INCAR
- 执行以下命令设置环境的配置。
export PATH=/path/to/VASP/vasp.5.4.4/bin:$PATH
- 执行以下命令创建“host”文件。
vi hostfile
- 按“i”进入编辑模式,新增如下内容。
node1 node2
node1和node2为运行代码的节点名称,依照实际情况修改,并保证节点相互可以Ping通。注意多台机器间的SSH免密登录。
- 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。
- 执行以下命令运行VASP程序。
- 多节点
mpirun --allow-run-as-root -np 16 -N 8 -x OMP_NUM_THREADS=1 -x PATH=$PATH -x LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH --hostfile hostfile vasp_std 2>&1 | tee -a vasp.out
当VASP生成的日志“OUTCAR”的结尾处出现如下图所示内容时,表示VASP程序运行正常结束。
- 单节点
mpirun --allow-run-as-root -np 16 -x OMP_NUM_THREADS=1 vasp_std 2>&1 | tee -a vasp.out
当VASP生成的日志“OUTCAR”的结尾处出现如下图所示内容时,表示VASP程序运行正常结束。
- -np参数为使用的总进程数。-N为每个节点运行的进程数,这里以两节点为例。可根据机器配置进行调整。也可以不用指定这两个参数,机器会默认使用最大进程运行。
- -x OMP_NUM_THREADS参数为指定使用的线程数。
- 需要查看“OUTCAR”日志中的“real time”数值,单位是“s”,数值越少性能越优。
- 多节点