使用HPCRunner一键安装CDO

前置条件

待安装CDO应用的节点已挂载配置YUM源。

YUM源挂载配置建议使用全量的ISO Everything包。

安装步骤

使用PuTTY工具，以root用户登录待安装CDO应用的节点。
安装基础依赖包。执行如下命令：
yum -y install git time zlib zlib-devel gcc gcc-c++ environment-modules python python3 python3-devel python3-libs python3-pip cmake make numactl numactl-devel numactl-libs rpmdevtools wget libtirpc libtirpc-devel unzip flex tar patch glibc-devel rpcbind csh perl-XML-LibXML xorg-x11-xauth curl curl-devel libcurl-devel libxml2-devel

克隆仓库。如已通过手动下载了贾维斯智能助手（HPCRunner），则忽略该步骤，否则执行如下命令：

git clone https://gitee.com/openeuler/hpcrunner.git

回显结果包含如下示例内容，表示HPCRunner克隆成功：

...
Cloning into 'hpcrunner'...
remote: Enumerating objects: 13018, done.
remote: Counting objects: 100% (171/171), done.
remote: Compressing objects: 100% (142/142), done.
remote: Total 13018 (delta 89), reused 57 (delta 23), pack-reused 12847 (from 1)
Receiving objects: 100% (13018/13018), 72.71 MiB | 2.57 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (6150/6150), done.

初始化HPCRunner。执行如下命令：
cd hpcrunner

source init.sh

hpcrunner表示HPCRunner安装目录，可根据实际情况调整。
选择配置文件，执行如下命令：
./jarvis -use templates/cdo/1.9.8/cdo.arm.hpckit25.2.0.config

回显结果包含如下示例内容，表示配置文件选择成功：
```
...
Switch config file to templates/cdo/1.9.8/cdo.arm.hpckit25.2.0.config
Successfully switched. config file saved in file .meta
```

下载CDO应用源码，执行如下命令：

./jarvis -d

如已提前手动下载CDO应用且已放置到HPCRunner的downloads目录，则示例结果回显如下：

...
FILE cdo-1.9.8.tar.gz already DOWNLOADED
否则，示例结果回显如下：

否则，示例结果回显如下：

...
Saving to: ‘/home/hpcrunner/downloads/cdo-1.9.8.tar.gz’
/home/hpcrun 100%[============================================================>]  10.29M   568KB/s    in 19s
2025-10-13 15:26:44 (546 KB/s) - ‘/home/hpcrunner/downloads/cdo-1.9.8.tar.gz’ saved [10793380/10793380]

一键配置依赖环境。执行如下命令：
./jarvis -dp

回显结果包含如下示例内容，表示一键配置依赖环境成功：
```
...
SUCCESSFULLY EXECUTED AT 2025-10-13 08:51:01, CONGRATULATIONS!!!
```
一键进行编译。执行如下命令：
./jarvis -b

回显结果包含如下示例内容，表示一键编译成功：
```
...
SUCCESSFULLY EXECUTED AT 2025-10-13 08:51:31, CONGRATULATIONS!!!
```

一键进行安装测试，执行如下命令：

./jarvis -r

回显结果包含如下示例内容，表示安装测试成功：

...
Climate Data Operators version 1.9.8 (https://mpimet.mpg.de/cdo)
System: aarch64-unknown-linux-gnu
CXX Compiler: mpicxx -g -O2 -fopenmp
CXX version : unknown
C Compiler: mpicc -g -O2 -fopenmp
C version : unknown
F77 Compiler: mpif90 -g
F77 version : unknown
Features: 502GB 160threads C++17 Fortran DATA PTHREADS OpenMP HDF5 NC4/HDF5
Libraries: HDF5/1.13.0
Filetypes: srv ext ieg grb1 grb2 nc1 nc2 nc4 nc4c nc5
CDI library version : 1.9.8
cgrbex library version : 1.9.4
ecCodes library version : 1.21.0
NetCDF library version : 4.9.3 of Oct 13 2025 08:44:55 $
hdf5 library version : 1.13.0
exse library version : 1.4.1
FILE library version : 1.8.3
total time used: 2s
SUCCESSFULLY EXECUTED AT 2025-10-13 09:02:49, CONGRATULATIONS!!!

运行和验证

通过验证源码自带的单元测试用例，确保核心功能模块的正确性和软件安装的完整性。以下是具体的测试步骤：

使用PuTTY工具，以root用户登录已安装CDO应用的节点。
加载环境变量。执行如下命令：
cd ${JARVIS_ROOT}

source init.sh

source env.sh

${JARVIS_ROOT} 表示HPCRunner所在目录。
执行如下命令，切换到CDO源码单元测试用例目录。
cd ${JARVIS_ROOT}/software/apps/cdo-1.9.8/test

编写集成测试脚本。

打开文件“test_all.sh”。
vi test_all.sh

按“i”进入编辑模式，填充如下信息。

#!/bin/bash
 
echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
rm -f test.log error.log result.log
touch test.log error.log result.log
for i in *.test; do
    echo "Testing ${i}..." 2>&1 | tee -a test.log
    ./${i} > content.log 2>&1
    ret=$?
    cat content.log >> test.log
    if [ "$ret" -ne 0 ] || grep -q "not ok" content.log || grep -q "command not found" content.log || grep -q "error while loading" content.log; then
        echo "ERROR: TEST ${i} FAILED." 2>&1 | tee -a error.log
        cat content.log >> error.log
    else
        echo "TEST ${i} PASSED." 2>&1 | tee -a result.log
    fi
done
rm -rf content.log

修改完成后，按“Esc”，输入:wq!，按“Enter”保存并退出文件编辑。

执行集成测试脚本。执行如下命令：
bash test_all.sh

如遇“ERROR: TEST tsformat.test FAILED.”错误，可参见《故障排除》相关章节。
验证通过说明。
1. 集成测试脚本的回显结果应类似以下示例：
```
Testing Afterburner.test..
TEST Afterburner.test PASSED.
Testing Arithc.test..
TEST Arithc.test PASSED. 
Testing Arith.test..
TEST Arith.test PASSED. 
Testing Cat.test..
TEST Cat.test PASSED.
...
```
2. 生成的test.log和result.log文件应包含内容，而error.log文件应为空。
3. result.log文件应包含60行，每行均为“TEST XXX.test PASSED.”样式。

父主题： CDO 1.9.8 移植指南（openEuler 22.03）