鲲鹏社区首页
中文
注册
开发者
我要评分
获取效率
正确性
完整性
易理解
在线提单
论坛求助

安装HIO桥接目标库

HIO通过桥接目标库来实现应用加速,目前支持加速的应用如表1所示。为了确保实现HIO加速应用,请按照表1选择安装应用运行所需的HIO桥接目标库。
表1 应用版本和目标库映射关系

应用名称

版本

HIO桥接目标库

WRF

4.2.2版本

libpnetcdf.so

NEMO

版本30Nov20

libnetcdf.so

Grapes

CMA_GFS_3.3版本3.3

CMA_MESO版本5.1

libmpi.so

LAMMPS

4.2版本

libhdf5.so或libpnetcdf.so

QE

6.4.1版本

libhdf5.so

安装libhdf5.so

  1. 下载hdf5源码压缩包hdf5-1.12.3.tar.gz
  2. 使用SFTP工具将hdf5-1.12.3.tar.gz上传服务器,执行以下命令解压。
    tar zxf hdf5-1.12.3.tar.gz
  3. 编译安装。
    1. 执行以下命令进入hdf5源码目录并创建build目录。
      cd hdf5-1.12.3
      mkdir build
    2. 执行配置操作。
      cd build
      ../configure --prefix=/path/to/hdf5-install
      • /path/to/hdf5-install表示libhdf5.so的安装目录,建议与2中的目录区分开。
      • 批量安装桥接目标库时,安装目录请参见《Kunpeng HPC Solution 25.2.0 LLD模板》中“项目基本信息 > 共享存储目录规划 > HPCKit安装目录”。
    3. 执行以下命令编译。
      make -j
    4. 执行以下命令安装。
      make install
  4. 执行以下命令检查安装目录确认是否包含hdf5动态库。
    ls /path/to/hdf5-install/lib

    回显如下说明安装目录下已经存在hdf5动态库,表示安装成功。

    1
    libhdf5.a  libhdf5_hl.a  libhdf5_hl.la  libhdf5_hl.so  libhdf5_hl.so.200  libhdf5_hl.so.200.1.1  libhdf5.la  libhdf5.settings  libhdf5.so  libhdf5.so.200  libhdf5.so.200.3.0
    

安装libnetcdf.so

  1. 下载NetCDF源码压缩包netcdf-c-4.9.2.tar.gz
  2. 使用SFTP工具将netcdf-c-4.9.2.tar.gz上传服务器,执行以下命令解压。
    tar zxf netcdf-c-4.9.2.tar.gz
  3. 编译安装。
    1. 执行以下命令进入NetCDF源码目录并创建build目录。
      cd netcdf-c-4.9.2
      mkdir build
    2. 执行配置操作。
      cd build
      ../configure --prefix=/path/to/netcdf-install
      • /path/to/netcdf-install表示libnetcdf.so的安装目录,建议与2中的目录区分开
      • 批量安装桥接目标库时,安装目录请参见《Kunpeng HPC Solution 25.2.0 LLD模板》中“项目基本信息 > 共享存储目录规划 > HPCKit安装目录”。
    3. 执行以下命令编译。
      make -j
    4. 执行以下命令安装。
      make install
  4. 执行以下命令检查安装目录确认是否包含NetCDF动态库。
    ls /path/to/netcdf-install/lib
    回显如下说明安装目录下已经存在NetCDF相关动态库,表示安装成功。
    1
    libnetcdf.a  libnetcdf.la  libnetcdf.settings  libnetcdf.so  libnetcdf.so.19  libnetcdf.so.19.2.2  pkgconfig
    

安装libpnetcdf.so

  1. 下载PnetCDF源码压缩包pnetcdf-1.12.1.tar.gz
  2. 使用SFTP工具将pnetcdf-1.12.1.tar.gz上传服务器,执行以下命令解压。
    tar zxf pnetcdf-1.12.1.tar.gz
  3. 编译安装。
    1. 进入PnetCDF源码目录并创建build目录。
      cd pnetcdf-1.12.1
      mkdir build
    2. 执行配置操作。
      cd build
      export MPICC=/opt/HPCKit/latest/hmpi/gcc/release/hmpi/bin/mpicc
      ../configure --prefix=/path/to/pnetcdf-install --enable-shared
      • /path/to/pnetcdf-install表示libpnetcdf.so的安装目录,建议与2中的目录区分开。
      • /opt/HPCKit表示HPCKit安装目录。
      • 批量安装桥接目标库时,安装目录请参见《Kunpeng HPC Solution 25.2.0 LLD模板》中“项目基本信息 > 共享存储目录规划 > HPCKit安装目录”。
    3. 执行以下命令编译。
      make -j
    4. 执行以下命令安装。
      make install
  4. 执行以下命令检查安装目录确认是否包含PnetCDF动态库。
    ls /path/to/pnetcdf-install/lib
    回显如下说明安装目录下已经存在PnetCDF相关动态库,表示安装成功。
    1
    libpnetcdf.a  libpnetcdf.la  libpnetcdf.so  libpnetcdf.so.4  libpnetcdf.so.4.0.1  pkgconfig
    

配置HIO桥目标接库的环境变量

  • 如果HIO桥接目标库在usr/lib64下已存在,则不用配置环境变量,其他情况都需要配置环境变量。
  • 如果多个桥接库不在同一目录下,需要对每个桥接库分别配置环境变量。
  • 以下通过为LD_LIBRARY_PATH配置libpnetcdf.so的环境变量为例说明。
  • 用find命令查找HIO桥接目标库所在目录,将该目录配置到环境变量。
  • 仅对当前会话生效:
    export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/pnetcdf-install/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  • 对当前用户生效:
    1. 执行以下命令,进入~/.bashrc文件。
      vim ~/.bashrc
    2. 按“i”进入编辑模式,在文件~/.bashrc末尾增加如下命令行。
      export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/pnetcdf-install/lib:$LD_LIBRARY_PATH
    3. 按“ESC”退出编辑模式,然后输入":wq!"保存并退出。
    4. 执行以下命令,使配置立即生效。
      source ~/.bashrc