HPC软件NAMD、featureCounts等5款软件迁移openEuler平台项目实践心得
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HPC软件NAMD、featureCounts等5款软件迁移openEuler平台项目实践心得
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发表于2022-10-25 11:52:52
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本次项目迁移,是将HPC软件NAMD、featureCounts等5款软件迁移openEuler平台,充分发挥openEuler+鲲鹏在HPC场景的性能优势。像NAMD用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学,OpenLB是一个c++库,用于实现格子 Boltzmann 方法,进行流体力学的模拟计算,PyMOL是少数可以用在结构生物学领域开放源代码视觉化工具等。

      在移植过程中,需要进行源码编译,并掌握相关编码语言,分析并处理出现的源码报错问题,同时需要掌握clang和gcc编译相关知识,处理编译中出现的问题。本次编译要求编译器为毕昇编译器,MPI为HyperMPI。移植过程中部分软件指定MPI编译源码。在配置编译环境时,首先要配置yum源, 同时安装毕昇编译器、Hyper MPI、PnetCDF等。通过下载源码,解压进行编译,在编译过程中,需考虑HPC软件依赖包的所需版本等情况。对OpenLB等软件需要可视化验证。对测报告需覆盖规范性自检、功能性测试、性能、 精度测试结果。根据记录数据,分析制作性能对比图,直观了解软件移植的性能差异。根据实际情况选择。对比CentOS和openEuler两个平台的测试性能,达到客户的要求。

迁移目标:
HPC相关软件运行在openEuler+Kunpeng平台。
性能调优,保证HPC组件迁移至鲲鹏后的性能不低于X86平台;
主要工作:
使用社区最新发布的毕昇编译器进行编译;
MPI软件使用HyperMPI;
使用IMB、IOR、Stream工具进行性能测试,并于CentOS平台性能对比。

性能测试:

在x86与鲲鹏920服务器平台上分别测试相关性能表现,通过数据对比,验证鲲鹏920芯片在HPC场景的优势与不足从而为后续的性能调优、生态建设、解决方案提供数据基础。通过测试,相关软件程序在Kunpeng920&openEuler的计算性能均比Intel Xeon&CentOS高。

编写编译安装脚本:通过编译安装脚本可成功编译安装HPC软件,软件可成功运行,无运行

报错、coredump等情况发生。包括HPC软件及依赖软件。

DevKit工具扫描及调优:

使用鲲鹏DevKit工具进行软件迁移及调优,输出源码迁移报告及性能分

使用鲲鹏性能分析工具的高级分析中的系统性能分析,对相关软件进行性能调优。性能调优场景为HPC,分析对象为应用,通过分析类型进程/线程性能分析和热点函数等方向,采集数据。

对工具给出的调优建议进行修改。

调优结果:

HPC各软件运行在openEuler+Kunpeng平台正常运行,整体性能超过通用平台,超过迁移性能目标。

本帖最后由 匿名用户2023/11/17 15:14:23 编辑

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