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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengabyss_02_0007.html
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令解压算例包。

```
tar xvf test-data.tar.gz
```


3. 执行以下命令切换目录并进行Abyss组装。

```
cd
/path/to/TESTCASE
abyss-pe k=25 name=test in='reads1.fastq reads2.fastq'
```


4. 上述步骤完成后，只能单进程运行，不支持并行，执行多进程会报错（如下图），并行需要下面的步骤修改文件。

  a. 执行以下命令切换路径到Abyss安装路径下，找到“abyss-pe”文件。

```
cd
/path/to/ABYSS
/
bin
```


  b. 执行以下命令修改“abyss-pe”文件。

    1. 打开“abyss-pe”文件。

```
vi
abyss-pe
```


    2. 按“i”进入编辑模式，修改”abyss-pe”的第543行和551行，添加“--allow-run-as-root -mca coll_hcoll_enable 0”。

```
$(gtime) $(mpirun) --allow-run-as-root -mca coll_hcoll_enable 0 -np $(np) abyss-paired-dbg-mpi $(abyssopt) $(ABYSS_OPTIONS) -o $*-1.fa $(in) $(se)
$(gtime) $(mpirun) --allow-run-as-root -mca coll_hcoll_enable 0 -np $(np) ABYSS-P $(abyssopt) $(ABYSS_OPTIONS) -o $@ $(in) $(se)
```


    3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
  c. 执行以下命令切换目录，并行执行Abyss组装。

```
cd
/path/to/TESTCASE/
```


    “name”参数是生成文件的前缀，运行结束后，会生成很多文件，其中“test-contigs.fa”和“test-scaffolds.fa”分别对应contig和scaffold的结果。

    运行结果回显信息如下所示。

```
n       n:1000  L50     min     N80     N50     N20     E-size  max     sum     name
756     19      6       1315    1752    3094    4947    3141    6122    47778   n=10 s=1000
757     20      7       1315    1700    2214    4947    2991    6122    47778   n=10 s=2000
759     22      9       1315    1700    2205    3191    2385    4066    47789   n=10 s=5000
759     22      9       1315    1700    2205    3191    2385    4066    47789   n=10 s=10000
Best scaffold N50 is 3094 at n=10 s=1000.
n       n:1000  L50     min     N80     N50     N20     E-size  max     sum     name
756     19      6       1315    1752    3094    4947    3141    6122    47778   n=10 s=1000
PathConsensus  --dot -k25  -p0.9  -s test-7.fa -g test-7.dot -o test-7.path test-6.fa test-6.dot test-6.path
Ambiguous paths: 3
Merged:          0
No paths:        3
Too many paths:  0
Too complex:     0
Dissimilar:      0
cat test-6.fa test-7.fa \
|MergeContigs   -k25 -o test-8.fa - test-7.dot test-7.path
The minimum coverage of single-end contigs is 2.28.
The minimum coverage of merged contigs is 3.83248.
Consider increasing the coverage threshold parameter, c, to 3.83248.
ln -sf test-8.fa test-scaffolds.fa
PathOverlap --overlap   -k25 --dot test-7.dot test-7.path >test-8.dot
ln -sf test-8.dot test-scaffolds.dot
abyss-fac   test-unitigs.fa test-contigs.fa test-scaffolds.fa |tee test-stats.tab
n       n:500   L50     min     N80     N50     N20     E-size  max     sum     name
```