---
title: 编译和安装
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengambertools_02_0006.html
sourcePath: /source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengambertools_02_0006.html
indexId: c53d14ec3819749a66202a2d564048acd2fc9f65045d6b0c6cef4ccfa7f07c3372
---
# 编译和安装

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令设置环境变量。

```
export PATH
=
/path/to/GNU
/
bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH
=
/path/to/GNU
/
lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH
=
/path/to/OPENMPI
/
bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH
=
/path/to/OPENMPI
/
lib:$LD_LIBRARY_PATH
```


3. 执行以下命令解压AmberTools安装包。

```
cd
/path/to/AMBER
tar -xvf AmberTools19.tar.bz2
```


4. 执行以下命令将FFTW3下的“config.guess”和“config.sub”脚本全部更新网址里内容。

```
cd
/path/to/AMBER
/amber18/AmberTools/src/fftw-3.3
http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD
vi config.guess
http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD
vi config.sub
```


5. 执行以下命令将xblas下的“config.guess”和“config.sub”脚本全部更新网址里内容。

```
cd
/path/to/AMBER
/amber18/AmberTools/src/xblas/config
http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD
vi config.guess
http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD
vi config.sub
```


6. 执行以下命令进行串行编译安装。

```
cd
/path/to/AMBER
/amber18
./configure --skip-python -nosse gnu
test -f
/path/to/AMBER
/amber18/amber.sh && source
/path/to/AMBER
/amber18/amber.sh
make install
```


7. 执行以下命令执行串行测试。

```
make test
```


8. 执行以下命令进行并行编译安装。

```
cd
/
path/to/AMBER
/amber18
./configure --skip-python -nosse -mpi gnu
make install
export DO_PARALLEL="mpirun --allow-run-as-root -np 96 -mca btl ^openib"
./configure --skip-python -nosse -openmp gnu
make openmp
```