--- title: 运行和验证 description: "BEAST2安装包中“nexus”目录下提供了数据集Primates.nex，通过“beauti”配置参数，最后生成“xml”文件。导入生成的“xml”文件，运行beast命令，生成3个文件：日志文件（*.log）、树文件（*.trees）、xml状态文件（*.state）。" url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengbeast2_02_0007.html sourcePath: /source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengbeast2_02_0007.html indexId: 1c84d281977764633d5afb3de97af8e3d61a9d4f0fb03ff9139a82c093c6920568 --- # 运行和验证 BEAST2安装包中“nexus”目录下提供了数据集Primates.nex，通过“beauti”配置参数，最后生成“xml”文件。导入生成的“xml”文件，运行beast命令，生成3个文件：日志文件（*.log）、树文件（*.trees）、xml状态文件（*.state）。 #### 操作步骤 1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。 2. 执行以下命令，进入“nexus”目录。 ``` cd /path/to/BEAST / beast/examples/nexus ``` 3. 执行以下命令，弹出“BEAUti 2: Standard”弹窗，如图1所示。 ``` beauti ``` 图1 BEAUti 2: Standard弹窗 4. 序列导入 。 单击“File > Import Alignment”，弹出“Open”对话框，选择“nexus”目录下的P“rimates.nex”序列文件，如图2所示。 图2 Primates.nex序列文件 5. Link/Unlink partition models（单击“Open”，弹出下列对话框）。 一般在分析中，导入的是比对好的基因序列信息，但有些情况下，也会存在partition情况。如果联合分析，就需要Link，否则不需要Unlink。 6. 替代模型设定。 针对核甘酸替代模型，可供选择的有GTR、HKY、JC69、TN93，这里用HKY替代模型，Gamma Category Count（碱基替代速率变化等级）一般可设置为4-8，在这里选择4。其它参数如Substitution Rate（替代率）、Shape（GAMMA分布的形状参数）、Frequencies（碱基频率）在分析中均估计。 7. 分子钟设置。 单击“Clock Model”，有Strict Clock（严格分子钟）、宽松分子钟（Relaxed Clock Exponential和Relaxed Clock Log Normal）等。 这里选择Strict Clock，不考虑模型中分子之间的速率变化差异。 8. 先验证信息设定。 a. 单击“Priors tree prior : Yule Model”，其它默认即可。 b. 在Priors这一栏最下方有一个“+Add Prior”按钮, 单击确定后，弹出对话框，选择Tree.t:secondhalf。在Taxon set editor中自定义一个名字：如 fossil information，然后选择需要标定分歧时间的两个物种（如：Homo_sapiens、Pan），移到右边边框。 在校正节点上设置先验证分布信息，首先单击“monophyletic”下拉菜单（[none]）中选择Normal。随后设置分歧时间，Homo sapiens和Pan的分歧在5-7My，因此设定正态分布中心点是6My，标准偏差0.5My，并勾选“monophyletic”。 9. MCMC选项设定（单击“MCMC”）。 运行链长：10000000（默认1千万步） tracelog：链长运行1000次抽样一次 screenlog: 运行1000次打印到屏幕一次 treelog.t:tree: 运行1000次打印一个拓扑结构树 10. “xml”文件保存。 单击“File—Save As”，定义一个输出文件名字，结果生成一个“xml”文件。 11. 执行以下命令，进行beast测试。 ``` beast -threads 128 test01.xml ``` 需要查看“Primates.log”日志中的“Total calculation time”数值，单位是“s”，数值越小性能越优。 输出的结果样例如下图所示。