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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 使用SFTP等工具将测试需要的算例上传到“/path/to/CASE”目录下。
3. 执行以下命令解压并重命名Swissprot Proteins数据。

```
cd
/path/to/CASE
gzip -d swissprot.gz
mv swissprot swissprot.fa
```


4. 执行以下命令将所有的文件放至“data”目录下。

```
mkdir data
mv swissprot.fa data/
mv protein_query.fasta data/
```


5. 执行以下命令编译算例的数据。

```
export PATH=$BLAST_TOP/c++/ReleaseMT/bin:$PATH
makeblastdb -in data/swissprot.fa -dbtype prot
```

执行完成后会在“data”目录下生成以下4个文件，可使用ls命令查看。

  - swissprot.fa
  - swissprot.fa.phr
  - swissprot.fa.pin
  - swissprot.fa.psq
6. 执行以下命令运行测试。

```
{ time blastp -query data/protein_query.fasta -db data/swissprot.fa ; } 2>&1 |tee output_protein_alignments.txt
```


  需要查看日志中最后的time命令输出中的“real”数值，单位是时间“x分钟y秒”，数值越低性能越优。

  输出的结果样例如图1所示。 图1 测试样例