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title: 介绍
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# 介绍

Bowtie2是将测序reads与长参考序列比对工具（适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组，如哺乳动物基因组，进行比对）。

通常是比较基因组学（包括识别变体（variation calling）、ChIP-seq、RNA-seq和BS-seq）管道的第一步。

它可以处理非常长的读数（即10s或100s的千字节），但它针对近期测序仪产生的读数长度和误差模式进行了优化，如Illumina HiSeq 2000、Roche 454和Ion Torrent仪器。

Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-Wheeler Transform或BWT）对基因组进行索引，以此来保持其占用较小内存。对于人类基因组来说，内存占用在3.2G左右。Bowtie2支持间隔、局部和双端对齐模式，可以同时使用多个处理器来极大的提升比对速度。

关于Bowtie2的更多信息请访问Bowtie2官网(http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml)。

语言：C语言。

一句话描述：一种超快速、高效存储的短阅读比对仪，用于下一代测序仪的短DNA序列与人类基因组的超快速且内存有效的比对。

开源协议：GPL 3.0。

#### 建议的版本

建议使用版本“Bowtie2 2.4.1”。