---
title: 安装Bowtie2
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengbowtie2_02_0007.html
sourcePath: /source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengbowtie2_02_0007.html
indexId: adba9376224ed84a5916a72e80f204afbc3627fa4326c9c5f7a0fa2fbefe5cd769
---
# 安装Bowtie2

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令使用Yum安装“zlib.aarch64 zlib-devel.aarch64 zlib-static.aarch64”。

```
yum install zlib.aarch64 zlib-devel.aarch64 zlib-static.aarch64
```


3. 执行以下命令解压安装包。

```
unzip bowtie2-2.4.1-source.zip
```


4. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd bowtie2-2.4.1
mkdir -p third_party/simde/simde/x86/
```


5. 执行以下命令进行配置。

```
export NO_TBB=1
export POPCNT_CAPABILITY=0
```


6. 执行以下命令解压SIMDe。

```
unzip simde-master.zip
```


7. 执行以下命令将SIMDe的文件拷贝到Bowtie2中。

```
cp -a
/
path/to/SIMDE
/
simde-master/simde
/
path/to/BOWTIE2
/
bowtie2-2.4.1/third_party/simde/
```


8. 执行以下命令解压sse2neno安装包。

```
unzip master.zip
```


9. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd sse2neon-master
```


10. 执行以下命令将“sse2neon.h”文件拷贝到Bowtie2。

```
cp -a SSE2NEON.h
/path/to/BOWTIE2
/
bowtie2-2.4.1/third_party/simde/simde/x86/
```


11. 执行以下命令进行编译。

```
cd ../
bowtie2-2.4.1
make all
```


12. 执行以下命令设置环境变量。

```
export PATH=
/path/to/BOWTIE2
/bowtie2-2.4.1:$PATH
```