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title: Bowtie2自建索引
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengbowtie2_02_0008.html
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# Bowtie2自建索引

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
tar -zxvf chromFa.tar.gz
```


3. 执行以下命令进行重定向。

```
cat *.fa > mm10.fa
```


4. 执行以下命令构建索引。

```
bowtie2-build mm10.fa mm10
```