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title: 安装Bowtie
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 安装Bowtie

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令使用Yum安装依赖包。

```
yum install zlib.aarch64 zlib-devel.aarch64 zlib-static.aarch64
```


3. 执行以下命令解压安装包。

```
unzip bowtie-1.2.3.zip
```


4. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd
/path/to/BOWTIE
/bowtie-1.2.3
```


5. 执行以下命令修改配置文件“Makefile”。

  a. 打开“Makefile”配置文件。

```
vi Makefile
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。
    若要支持aarch64，需在第162行后添加如下粗体部分内容。

```
BITS=32
ifeq (x86_64,$(shell uname -m))
BITS=64
endif
ifeq (aarch64,$(shell uname -m))
BITS=64
endif
```


    在第187行修改如下内容。

```
DEBUG_FLAGS = -O0 -g3
RELEASE_FLAGS = -O3
NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG
FILE_FLAGS = -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE
```


    增加aarch64分支，在注释后添加如下粗体内容。

```
M64_FLAGS := -m64
ifeq (aarch64,$(shell uname -m))
M64_FLAG :=
endif
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
6. 执行以下命令修改“alphabet.cpp”文件。

  a. 打开“alphabet.cpp”配置文件

```
vi
/path/to/BOWTIE
/bowtie-1.2.3/alphabet.cpp
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改第276行的内容。
    修改前：

```
char mask2iupac[16] = {…}
```


    修改后：

```
signed char mask2iupac[16] = {…}
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
7. 执行以下命令新建文件夹。

```
mkdir
-
p ./third_party/simde/simde/x86
```


8. 执行以下命令进行配置。

```
export NO_TBB=1
export POPCNT_CAPABILITY=0
```


9. 执行以下命令解压simde安装包。

```
unzip simde-master.zip
```


10. 执行以下命令将“simde-master”下的“simde”文件夹拷贝到“bowtie-1.2.3/third_party/simde/”下。

```
cp -a
simde-master
/
simde
/path/to/BOWTIE
/
bowtie-1.2.3/third_party/simde/
```


11. 执行以下命令解压sse2neno安装包。

```
unzip sse2neon-master.zip
```


12. 执行以下命令将“SSE2NEON.h”文件拷贝到“bowtie-1.2.3/third_party/simde/simde/x86/”下。

```
cp -a
sse2neon-master
/
SSE2NEON.h
/path/to/BOWTIE
/
bowtie-1.2.3/third_party/simde/simde/x86/
```


13. 执行以下命令进行编译。

```
cd
/path/to/BOWTIE
/bowtie-1.2.3
make
```


14. 执行以下命令进行安装。

```
make install
```


15. 执行下面命令设置环境变量。
  export PATH=/path/to/BOWTIE/bowtie-1.2.3:$PATH