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title: Bowtie自建索引
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengbowtie_02_0008.html
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# Bowtie自建索引

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入“CHROMFA”目录。

```
cd
/path/to/
CHROMFA
```


3. 执行以下命令解压chromFa安装包

```
tar -xzvf chromFa.tar.gz
```


4. 执行以下命令进行重定向。

```
cat *.fa > man.fa
```


5. 执行以下命令构建索引。

```
bowtie-build --threads 128 man.fa man_index
```


6. 执行以下命令新建一个目录“man_hg19”，将生成的“man_index*.ebwt”文件放入此目录下。

```
mkdir man_hg19
mv  *.ebwt
man_hg19
```