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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengbowtie_02_0009.html
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入“man_hg19”目录。

```
cd
/path/to/CHROMFA
/man_hg19/
```


3. 执行以下命令解压算例文件。

```
gzip -d SRR742200_1.fastq.gz
gzip -d SRR742200_2.fastq.gz
```


4. 执行以下命令运行Bowtie获取“.sam”文件（需要对应的生物序列文本“xxx.fastq”）。

```
bowtie -S -t -q -p 128 man_index -1 ./SRR742200_1.fastq -2 ./SRR742200_2.fastq SRR742200_out.sam
```


  结果样例如下图所示。