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title: 安装ProtHint
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 安装ProtHint

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入“/path/to/BRAKER”目录。

```
cd
/path/to/BRAKER
```


3. 执行以下命令下载并解压ProtHint安装包。

```
wget https://github.com/gatech-genemark/ProtHint/archive/refs/tags/v2.6.0.tar.gz
tar xvf v2.6.0.tar.gz
```


4. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd ProHint-2.6.0
```


5. 执行以下命令下载依赖包。

```
wget https://github.com/ogotoh/spaln/archive/refs/tags/veer.2.4.9b.tar.gz
```


6. 执行以下命令解压依赖包。

```
tar xvf veer.2.4.9b.tar.gz
```


7. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd spaln-veer.2.4.9b/src
```


8. 执行以下命令进行配置。

```
CXX=g++ ./configure
```


9. 执行以下命令修改“codepot.h”文件。

  a. 打开“codepot.h”文件。

```
vi codepot.h
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改第37行的内容。
    修改前：

    修改后：

    执行9.a之后，按“Esc”键，输入:set nu，按“Enter”即可显示出行号。

  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
10. 执行以下命令进行编译安装。

```
make
make install
```


11. 执行以下命令加载环境变量。

```
export PATH=
/path/to/BRAKER
/ProHint-2.6.0/spaln-veer.2.4.9b/bin:$PATH
```


12. 执行以下命令进入“ProHint-2.6.0”目录。

```
cd
/path/to/BRAKER
/ProHint-2.6.0
```


13. 执行以下命令下载“spaln-boundary-scorer.git”。

```
git clone https://github.com/gatech-genemark/spaln-boundary-scorer.git
```


14. 执行以下命令解压安装包。

```
tar xvf
spaln-boundary-scorer.git
```


15. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd spaln-boundary-scorer
```


16. 执行以下命令修改“Makefile”文件。

  a. 打开“Makefile”文件。

```
vi Makefile
```


  b. 按“i”进入编辑模式，将第1行的内容修改为“CC=clang++”。
  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
17. 执行以下命令进行编译。

```
make
```


18. 执行以下命令设置环境变量。

```
export PATH=
/path/to/BRAKER
/ProHint-2.6.0/spaln-boundary-scorer:$PATH
```


19. 执行以下命令替换依赖。

```
cd
/path/to/BRAKER
/ProHint-2.6.0/dependencies
rm -rf spaln_table spaln spaln-boundary-scorer diamond
cp -r
/path/to/BRAKER
/ProHint-2.6.0/spaln-veer.2.4.9b/table spaln_table
cp
/path/to/BRAKER
/ProHint-2.6.0/spaln-veer.2.4.9b/bin/spaln .
cp
/path/to/BRAKER
/ProHint-2.6.0/spaln-boundary-scorer/spaln-boundary-scorer .
```


20. 将表1中安装DIAMOND完成后生成的可执行文件“diamond”拷贝到当前目录。