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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入算例目录。

```
cd
/path/to/BRAKER
/BRAKER-2.1.6/example
```


3. 执行以下命令设置各依赖的环境变量。

  a. 设置环境变量“AUGUSTUS”到安装目录下的“config”。

```
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/path/to/augustus_config
```


  b. 设置环境变量“AUGUSTUS”到安装目录下的“bin”。

```
export AUGUSTUS_BIN_PATH=/path/to/augustus_bin
```


  c. 设置环境变量“AUGUSTUS”到安装目录下的“scripts”。

```
export AUGUSTUS_SCRIPTS_PATH=/path/to/augustus_scripts
```


  d. 设置环境变量“DIAMOND”到可执行文件“diamond”的这级目录。

```
export DIAMOND_PATH=/path/to/diamond
```


  e. 设置环境变量“GENEMARK”到可执行文件“gmhmme3”的这级目录。

```
export GENEMARK_PATH=/path/to/GENEMARK
```


  f. 设置环境变量“BAMTOOLS”到可执行文件“bamtools”的这级目录。

```
export BAMTOOLS_PATH=/path/to/BAMTOOLS
```


  g. 设置环境变量“CDBTOOLS”到可执行文件“cdbfasta”的这级目录。

```
export CDBTOOLS_PATH=/path/to/cdbfasta
```


  h. 设置环境变量“SAMTOOLS”到可执行文件“samtools”的这级目录。

```
export SAMTOOLS_PATH=/path/to/samtools
```


4. 执行以下命令进行验证。

```
braker.pl --help
```