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title: 编译和安装
description: "已获取“SSE2NEON.h”文件，获取路径：https://github.com/jratcliff63367/sse2neon(https://github.com/jratcliff63367/sse2neon)。"
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# 编译和安装

#### 前提条件

已获取“SSE2NEON.h”文件，获取路径：https://github.com/jratcliff63367/sse2neon(https://github.com/jratcliff63367/sse2neon)。


#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入BWA安装包所在目录。

```
cd
/path/to/BWA
```


3. 执行以下命令解压BWA安装包。

```
tar -xvf bwa-0.7.17.tar.bz2
```


4. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd bwa-0.7.17
```


5. 执行以下命令将“sse2neon.h”拷贝到编译器的安装目录下。

```
cp SSE2NEON.h
/path/to/GNU
/lib/gcc/aarch64-unknown-linux-gnu/9.1.0/include
```


6. 执行以下命令修改“Makefile”文件。

  a. 打开“Makefile”文件。

```
vi Makefile
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改第14行的内容。

```
INCLUDES= -I
/path/to/GNU
/lib/gcc/aarch64-unknown-linux-gnu/9.1.0/include
```


    请根据实际情况修改“include”的路径，该路径为GNU编译器的“include”目录。

  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
7. 执行以下命令修改“ksw.c”文件。

  a. 打开“ksw.c”文件。

```
vi ksw.c
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改第29行的内容。

```
include <
SSE2NEON.h
>
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
8. 执行以下命令进行编译。

```
make
```


9. 执行以下命令加载BWA环境。

```
export PATH=
/path/to/BWA
/bwa-0.7.17:$PATH
```