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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 运行和验证

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令安装JAVA 1.8.0版本。

```
yum install java-1.8.0-openjdk* gnuplot -y
```


  yum源为CentOS7.6镜像本地源，可自行根据需要在“/etc/yum.repos.d”路径下修改文件配置。

3. 执行以下命令获取算例文件。

```
curl -L -o oxford.fastq http://gembox.cbcb.umd.edu/mhap/raw/ecoli_p6_25x.filtered.fastq
```


  此处需要服务器连接外网，需要在一台可以连接外网的服务器上下载和转换算例，然后再copy到对应的测试目录。

4. 执行以下命令运行CANU。

```
{ time canu -p ecoli -d ecoli-pacbio genomeSize=4.8m corPartitions=384 corMemory=3  corPartitionMin=1000 corThreads=1 useGrid=false obtovlThreads=96 obtOvlHashBlockLength=682496000 utgOvlHashBlockLength=682496000 utgovlThreads=96  gridEngineMemoryOption="-l vf=MEMORY" -nanopore-raw oxford.fastq ; } 2>&1 |tee -a canu.log
```


  命令参数说明如表1所示。

**表1 canu命令参数说明**

| 参数 | 说明 |
| --- | --- |
| useGrid | 是否在Grid Control下运行，默认为true，需要调整为false。 |
| \-p | assembly\-prefix部件索引，根据算例定义。 |
| \-d | assembly\-directory部件目录，可自定义。 |
| genmoeSize | 基因组大小，根据算例定义。 |
| \-nanopore\-raw | 根据实际算例去选择对应的基因文件格式。 |
| corPartitions | 任务数，尽量设置为core数量的倍数，建议设置为4倍。 |
| corThreads | 每个进程数的线程数，建议设置为1。 |
| obtovlThreads | 运行obtovl时的线程数，建议设置为核数。 |
| utgovlThreads | 运行utgov时的线程数，建议设置为核数。 |