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title: 介绍
description: "Cufflinks程序是基因测序领域主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找，程序会根据Tophat的比对结果，依托或不依托于参考基因组的GTF注释文件，计算出（各个gene的）isoform的FPKM值，并给出trascripts.gtf注释结果（组装出转录组）。Cufflinks下主要包含cufflinks、cuffmerge、cuffcompare和cuffdiff等几支主要的执行程序。"
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# 介绍

Cufflinks程序是基因测序领域主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找，程序会根据Tophat的比对结果，依托或不依托于参考基因组的GTF注释文件，计算出（各个gene的）isoform的FPKM值，并给出trascripts.gtf注释结果（组装出转录组）。Cufflinks下主要包含cufflinks、cuffmerge、cuffcompare和cuffdiff等几支主要的执行程序。

关于Cufflinks的更多信息请访问Cufflinks官网(http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/)。

语言：C++。

一句话描述：基因表达量计算和差异表达基因寻找的应用。

开源协议：Boost Software License。

#### 建议的版本

建议使用的版本为“Cufflinks 2.2.1”。