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title: 安装Samtools
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 安装Samtools

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入Samtools安装目录。

```
cd
/path/to/SAMTOOL
```


3. 执行以下命令解压Samtools安装包。
  需要分别安装Samtool和htslib，避免使用包含htslib的Samtools，否则编译中会出现报错。

```
tar -xvf samtools-0.1.19.tar.gz
```


4. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd samtools-0.1.19
```


5. 执行以下命令获取GNU的绝对路径。

```
which gcc
```


6. 执行以下命令修改“Makefile”文件。

  a. 打开“Makefile”文件。

```
vi Makefile
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。
    修改前：

```
CC     = gcc
```


    修改后：

```
CC     = /path/to/GNU/bin/gcc
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
7. 执行以下命令进行编译安装。

```
make
```


8. 执行以下命令将生成的二进制文件拷贝到根目录默认路径中，可以使Cufflinks直接识别Samtools及htslib文件。

```
mkdir /usr/local/include/bam
cp
/path/to/SAMTOOL/
samtools-0.1.19/
libbam.a /usr/local/lib
cp
/path/to/SAMTOOL/
samtools-0.1.19/*.h /usr/local/include/bam/
cp
/path/to/SAMTOOL/
samtools-0.1.19/samtools /usr/bin/
```