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title: 编译和安装
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 编译和安装

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入DBG2OLC源码位置并编译。

```
cd
DBG2OLC
clang++ -O3 -o DBG2OLC *.cpp
```


3. 执行以下命令进入Sparc源码位置并编译。

```
cd Sparc
clang++ -O3 -o Sparc *.cpp
```


4. 执行以下命令进入AssemblyUtility源码位置并编译。

```
cd AssemblyUtility
clang++ -o AssemblyStatistics  -O3 AssemblyStatistics.cpp
clang++ -o SelectLongestReads  -O3 SelectLongestReads.cpp
```


5. 执行以下命令进入SparseAssembler源码位置并编译。

```
cd SparseAssembler
clang++ -O3 -o SparseAssembler *.cpp
```


6. 执行以下命令进入blasr-master源码位置。

```
cd blasr-master
```


7. 执行以下命令安装hdf5。

```
yum install -y hdf5 hdf5-devel
```


8. 执行以下命令修改“common.mk”文件。

  a. 打开“common.mk”文件。

```
vi common.mk
```


  b. 按“i”进入编辑模式，注释第19行的内容，添加第20行的内容。
  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
9. 执行以下命令修改“jabon/Makefile”文件。

  a. 打开“jabon/Makefile”文件。

```
vi jabon/Makefile
```


  b. 按“i”进入编辑模式，注释第5行的内容，添加第6行的内容。
  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
10. 执行以下命令进行编译。

```
make -j
```


11. 在“DBG2OLC”目录下执行以下命令拷贝可执行文件到特定路径。

```
mkdir compiled
cp ../AssemblyUtility/AssemblyStatistics compiled
cp ../AssemblyUtility/SelectLongestReads compiled
cp ../Sparc/Sparc compiled
cp ../SparseAssembler/SparseAssembler compiled
cp ../blasr-master/alignment/bin/blasrmc compiled
```


12. 执行以下命令配置环境变量。

```
export PATH= /home/hpc/DBG2OLC/compiled:/home/hpc/DBG2OLC/utility:$PATH
```