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title: 运行验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 运行验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令，进入算例目录。

```
cd
/path/to
/DELLY
/CASE
```


3. 执行以下命令，解压算例。

```
gzip -d SRR742200_1.fastq.gz
gzip -d hg19.fa.gz
```


4. 执行以下命令，创建索引文件。

```
bwa index -a bwtsw hg19.fa
```


5. 执行以下命令，生成“.sam”文件。

```
bwa mem -t 96 hg19.fa SRR742200_1.fastq > bwa.sam
```


6. 执行以下命令，生成并处理“.bam”文件。

```
samtools view -bS bwa.sam > SRR742200_1.bam
samtools sort -@96 SRR742200_1.bam -o SRR742200_1.sort.bam
samtools index -@96 SRR742200_1.sort.bam SRR742200_1.sort.bam.bai
```


7. 执行以下脚本复制“.bam”文件，用于模拟同时运行多个样本。

```
#!/bin/bash
for varible1 in {1..127}
do
cp SRR742200_1.sort.bam SRR742200_1${varible1}.sort.bam && cp SRR742200_1.sort.bam.bai SRR742200_1${varible1}.sort.bam.bai
done
```


8. 执行以下命令，运行算例。

```
cp
/path/to
/DELLY/delly-0.8.5/excludeTemplates/human.hg19.excl.tsv ./
{ time OMP_NUM_THREADS=128 delly call -x human.hg19.excl.tsv -o delly.bcf -g hg19.fa SRR742200_1*.sort.bam; }  2>&1 | tee -a  kp920-7265.log
```


  Delly主要在样本级别进行并行化。因此，OMP_NUM_THREADS应始终小于或等于输入样本的数量。此处为128个样本，所以OMP_NUM_THREADS设置成128。

  显示如图1，则说明运行成功。

  图1 运行结果

9. 执行以下命令，将结果转成VCF格式并查看输出结果。

```
bcftools view delly.bcf > delly.vcf && cat delly.vcf | more
```


  输出结果如图 输出结果所示。

  图2 输出结果