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title: 安装BWA
description: "已获取“sse2neon.h”文件，获取路径：https://github.com/DLTcollab/sse2neon/blob/master/sse2neon.h(https://github.com/DLTcollab/sse2neon/blob/master/sse2neon.h)。"
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# 安装BWA

#### 前提条件

已获取“sse2neon.h”文件，获取路径：https://github.com/DLTcollab/sse2neon/blob/master/sse2neon.h(https://github.com/DLTcollab/sse2neon/blob/master/sse2neon.h)。


#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令解压BWA安装包。

```
tar -xvf bwa-0.7.17.tar.bz2
```


3. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd bwa-0.7.17
```


4. 执行以下命令修改“Makefile”文件。

  a. 打开“Makefile”文件。

```
vi Makefile
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改文件的第1和14行的内容。

```
CC=
/path/to/GNU
/bin/gcc
INCLUDES=       -I
/path/to/GNU
/gcc/include
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
5. 执行以下命令修改“ksw.c”文件。

  a. 打开“ksw.c”文件。

```
vi ksw.c
```


  b. 按“i”进入编辑模式，编辑文件的第29和30行的内容。

```
/*#include <emmintrin.h>*/
#include <sse2neon.h>
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
6. 执行以下命令将“Neon指令转换代码”拷贝到编译器特定目录下。

```
cp sse2neon.h
/path/to/GNU
/
gcc/include
```


7. 执行以下命令进行编译。

```
make
```


8. 执行以下命令设置BWA的环境变量。

```
export PATH=
/path/to/BMA
/bwa-0.7.17:$PATH
```


9. 执行以下命令验证BWA安装是否成功。

```
bwa
```


  显示类似如下BWA使用信息，说明安装成功。

```
bwa <command> [options]
```