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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpenggmap_02_0007.html
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indexId: 2eb0bcc0779df46afb002c7a8a60b02172276220b29783dc0a816fb172cde21b66
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令查看GMAP版本信息。

```
gmap --verion
```


  回显显示如下类似信息，表示GMAP安装成功。

3. 执行以下命令解压算例。

```
cd
path/to/TESTCASE
gzip -d human_g1k_v37.fasta.gz
```


4. 执行以下命令建立参考序列索引。

```
mkdir human_index_home
gmap_build -D
/path/to/TESTCASE/
human_index_home -d human_g1k_v37 human_g1k_v37.fasta
```


  “-D”：索引路径。 “-d”：索引文件。

5. 执行以下命令进行比对。

```
{ time -p gmap -t 96 -D
/
path/to/TESTCASE
/
human_index_home -d human_g1k_v37 -f gff3_gene  human_g1k_v37.fasta; } 2>&1 |tee -a mapping_human.gff3
```


  “-f”输出文件为gff3_gene格式。

  生成文件“mapping_human.gff3”，则表示运行成功。