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title: 介绍
description: "分子动力学模拟（molecular dynamics simulation，MD）是时下最广泛为人采用的计算庞大复杂系统的方法，自1970年起，由于分子模拟的发展迅速，人们系统地建立了许多适用于生化分子体系、聚合物、金属与非金属材料的力场，使得计算复杂体系的结构与一些热力学与光谱性质的能力及精准性大为提升。分子动力学模拟是应用这些力场及根据牛顿运动力学原理所发展的计算方法。"
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# 介绍

分子动力学模拟（molecular dynamics simulation，MD）是时下最广泛为人采用的计算庞大复杂系统的方法，自1970年起，由于分子模拟的发展迅速，人们系统地建立了许多适用于生化分子体系、聚合物、金属与非金属材料的力场，使得计算复杂体系的结构与一些热力学与光谱性质的能力及精准性大为提升。分子动力学模拟是应用这些力场及根据牛顿运动力学原理所发展的计算方法。

GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎，其通过牛顿平衡方程来模拟几百到数以百万的原子体系。其设计初衷主要用于生物分子，例如具有大量复杂键联系的蛋白，脂和核酸分子，但GROMACS如今同样被用来计算非生物体系的非键联系，例如聚合物。 GROMACS相比其它分子动力学模拟软件具有一些其独有的优势：

1. GROMACS免费，其遵循LGPL协议（GNU Lesser General Public License），在Github上可以找到GROMACS的开源代码。
2. GROMACS提供相比其他软件更高的性能，在代码上进行了许多的优化。
3. GROMACS对于拓扑文件与参数设置文件阅读友好，其与Python的设置格式类似。
4. GROMACS的生态环境发展良好，模拟许多分析工具对GROMACS支持都较为优秀。

关于GROMACS的更多信息请访问GROMACS官网(http://www.gromacs.org/)。

语言：C++。

一句话描述：分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。

开源协议：LGPL Version 2.1。

CentOS 7.6操作系统下GROMACS 2019.3版本，建议使用鲲鹏代码迁移工具专项软件迁移功能，一键迁移至鲲鹏平台，具体操作请参见专项软件迁移(https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpengdevps/install/installguide/KunpengDevKitVS_0001.html)。


#### 建议的版本

建议使用的版本为“GROMACS 2019.3”。