---
title: 介绍
description: "HISAT2是一个快速灵敏的比对程序，用于将下一代测序读长（全基因组、转录组和外基因组测序数据）映射到人类基因组（以及单个参考基因组）。在对图的BWT进行扩展的基础上，设计并实现了图FM索引(GFM)，并给出了实现方法。除了使用一个代表一般人群的全局GFM索引外，HISAT2还使用了大量涵盖整个基因组的小型GFM索引。（每个索引代表一个56kbp的基因组区域，其中需要使用55,000个索引来覆盖整个人类）。这些小索引（称为本地索引）与若干比对策略相结合，可实现排序读长的有效比对。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpenghisat2_02_0001.html
sourcePath: /source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpenghisat2_02_0001.html
indexId: 8ae84b7f605ebf39e3b1b21952e9a8f17a0d1c87a871f7072257293e19cc1e2b68
---
# 介绍

HISAT2是一个快速灵敏的比对程序，用于将下一代测序读长（全基因组、转录组和外基因组测序数据）映射到人类基因组（以及单个参考基因组）。在对图的BWT进行扩展的基础上，设计并实现了图FM索引(GFM)，并给出了实现方法。除了使用一个代表一般人群的全局GFM索引外，HISAT2还使用了大量涵盖整个基因组的小型GFM索引。（每个索引代表一个56kbp的基因组区域，其中需要使用55,000个索引来覆盖整个人类）。这些小索引（称为本地索引）与若干比对策略相结合，可实现排序读长的有效比对。

关于HISAT2的更多信息请访问HISAT2官网(https://github.com/infphilo/hisat2)。

语言：C++。

一句话描述：快速灵敏的比对程序。

开源协议：GPL 3.0。

#### 建议的版本

建议使用版本为“HISAT2 2.1.0”。