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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入“/path/to/CASE”目录。

```
cd
/path/to/CASE
```


3. 执行以下命令设置HISAT执行文件的环境变量。

```
export PATH=
/path/to/HISAT2
/hisat2-2.1.0/:$PATH
```


4. 执行以下命令解压表2中的“bdgp6.tar.gz”。

```
cd
/path/to/
CASE
tar -xvf bdgp6.tar.gz
cd bdgp6
```


5. 执行以下命令修改“make_bdgp6.sh”文件。

  a. 打开“make_bdgp6.sh”文件。

```
vi
make_bdgp6.sh
```


  b. 按“i”进入编辑模式，注释如下内容。

```
# ENSEMBL_BASE=ftp://xxxxxxxx
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
6. 使用STFP工具，将四个算例文件“Drosophila_melanogaster.BDGP6.dna.toplevel.fa.gz”、“Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf.gz”、“R1.fq.gz”和“R2.fq.gz”拷贝到“/path/to/CASE/bdgp6”目录下。
7. 执行以下命令解压文件。

```
gzip -d Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf.gz
gzip -d Drosophila_melanogaster.BDGP6.dna.toplevel.fa.gz
gzip -d R1.fq.gz
gzip -d R2.fq.gz
```


8. 执行以下命令，重命名“fa”文件。

```
mv Drosophila_melanogaster.BDGP6.dna.toplevel.fa genome.fa
```


9. 执行以下命令运行“make_bdgp6.sh”文件。

```
./make_bdgp6.sh
```


10. 执行以下命令建立转录组。

```
extract_exons.py Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf > genome.exon
extract_splice_sites.py Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf > genome.ss
```


11. 执行以下命令将基因组和转录组建立索引。

```
hisat2-build -p96 genome.fa --ss genome.ss --exon genome.exon genome_tran
```


12. 执行以下命令运行HISAT2。

```
hisat2 -t -p 96 -x genome_tran -1 R1.fq -2 R2.fq -S Test.sam
```


  需要查看日志中“Overall time”数值，单位是“XX时:XX分:XX秒”，数值越小性能越优。

  测试结果样例如图1所示。

  图1 测试样例