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title: 介绍
description: "HISAT是一款高效的RNA-seq实验比对工具。它使用了基于BWT和FM两种算法的索引框架。使用了两类索引去比对，一类是全几组范围的FM索引来锚定每一个比对，另一类是大量的局部索引对这些比对做快速的扩展。效率更高，速度更快，占用资源更少。"
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# 介绍

HISAT是一款高效的RNA-seq实验比对工具。它使用了基于BWT和FM两种算法的索引框架。使用了两类索引去比对，一类是全几组范围的FM索引来锚定每一个比对，另一类是大量的局部索引对这些比对做快速的扩展。效率更高，速度更快，占用资源更少。

关于HISAT的更多信息请访问HISAT官网(http://www.ccb.jhu.edu/software/hisat)。

语言：C/C++。

一句话描述：短序列比对工具。

开源协议：GPL。

#### 建议的版本

建议使用的版本“HISAT-0.1.6”。