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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengmegahit_02_0008.html
sourcePath: /source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengmegahit_02_0008.html
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入源码安装目录。

```
cd
/path/to/MEGAHIT
```


3. 执行以下命令创建算例文件夹并进入。

```
mkdir testcase && cd testcase
```


4. 将下载好的算例文件上传到当前目录。
5. 执行以下命令运行算例。

```
megahit -t 128 --12 SRR1976948.abundtrim.subset.pe.fq.gz SRR1977249.abundtrim.subset.pe.fq.gz > megahit.log
```


  运行完成后查看megahit.log日志中的Time elapsed值，单位是“seconds”，数值越小性能越优。输出的结果样例如下所示。

```
.
.
.
2020-11-19 16:21:34 - Merging to output final contigs
2020-11-19 16:21:34 - 3227 contigs, total 10298772 bp, min 200 bp, max 301573 bp, avg 3191 bp, N50 6898 bp
2020-11-19 16:21:35 - ALL DONE. Time elapsed: 126.348002 seconds
```