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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令设置NAMD执行文件的环境变量。

```
export PATH=
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source/Linux-ARM64-g++/:$PATH
```


3. 执行以下命令进入测试算例存放目录。

```
cd
/path/to/CASE
```


4. 执行以下命令解压算例文件。

```
tar -xf apoa1.tar.gz
```


5. 执行以下命令修改算例文件。

  a. 打开算例文件。

```
vi apoa1/apoa1.namd
```


  b. 按“i”进入编辑模式，将以下内容添加至文件的最后。

```
FFTWEstimate yes
FFTWUseWisdom no
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
6. 执行以下命令运行测试。

```
cd apoa1
mpirun --allow-run-as-root --mca btl ^openib -np 1 namd2 +ppn 96 apoa1.namd +setcpuaffinity 2>&1 |tee -a namd.log
```


  需要查看日志“namd.log”中最后一个“Info:Benchmark time中的days/ns”数值，单位是“days/ns”，数值越小性能越优（也可以转换成“ns/days”的数值，越高性能越好）。

  测试结果样例如图1所示。

  图1 测试样例