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title: 编译和安装
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 编译和安装

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令，解压PMAL安装包。
  tar xf paml4.9j.tgz

3. 执行以下命令，进入解压后的目录。
  cd paml4.9j

4. 执行以下命令，删除“paml4.9j/bin/”文件夹中的Windows可执行文件（.exe文件）。
  cd /path/to/PAML/paml4.9j/bin

  rm *.exe

5. 执行以下命令，进行编译。
  cd /path/to/PAML/paml4.9j/src

  make -f Makefile

  ls -lF

  rm *.o

6. 执行以下命令，复制src下的可执行文件到“bin”目录下。
  cp /path/to/PAML/paml4.9j/src/baseml basemlg codeml pamp evolver yn00 chi2 /path/to/PAML/paml4.9j/bin

  cd ..

  ls -lF bin

  “bin”目录下有以下三个文件，说明编译成功。

```
bin/baseml
bin/codeml
bin/evolver
```