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title: 安装Samtools
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 安装Samtools

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令安装相关依赖包。

```
yum install ncurses-devel.aarch64 bzip2-devel.aarch64 xz-devel.aarch64 java-1.8.0-openjdk-devel.aarch64 -y
```


3. 执行以下命令解压Samtools工具包。

```
tar -xvf samtools-0.1.9.tar.gz
```


4. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd samtools-0.1.9
```


5. 执行以下命令获取GNU的绝对路径。

```
which gcc
```


6. 执行以下命令修改“Makefile”文件。

  a. 打开“Makefile”文件。

```
vi Makefile
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。
    修改前：

```
CC         =gcc
```


    修改后：

```
CC         =path/to/GUN/bin/gcc
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
7. 执行以下命令进行编译安装。

```
make
```


8. 执行以下命令添加Samtools环境变量。

```
export PATH=
/path/to/SAMTOOLS
/
samtools-0.1.9:$PATH
```