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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengpasa_02_0012.html
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令添加gmap环境变量。

```
export PATH
=
/path/to/GMAP
/Install/bin:$PATH
```


3. 执行以下命令修改配置文件。

  a. 打开配置文件。

```
cp
/path/to/PASA/
PASApipeline-pasa-v2.4.1/
pasa_conf/pasa.CONFIG.template
/path/to/PASA
/
PASApipeline-pasa-v2.4.1/
pasa_conf/conf.txt
vim
/path/to/PASA
/
PASApipeline-pasa-v2.4.1/
pasa_conf/conf.txt
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

```
MYSQLSERVER=localhost
MYSQL_RO_USER=test
MYSQL_RO_PASSWORD=123456
MYSQL_RW_USER=pasa
MYSQL_RW_PASSWORD=123456
```


  c. 修改完成后，按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
4. 执行以下命令进入算例目录。

```
cd
/path/to/PASA
/
PASApipeline-pasa-v2.4.1/sample_data
```


5. 执行以下命令修改配置文件。

```
cp
/path/to/PASA
/
PASApipeline-pasa-v2.4.1/
pasa_conf/pasa.alignAssembly.Template.txt alignAssembly.config
vi alignAssembly.config
DATABASE=sample_data
```


  修改完成后输入:wq!保存退出。

6. 执行以下命令运行用例。

```
gzip -d
genome_sample.fasta.gz
{ time Launch_PASA_pipeline.pl -c  alignAssembly.config -C -R -g genome_sample.fasta -t all_transcripts.fasta.clean -T -u all_transcripts.fasta -f FL_accs.txt --ALIGNERS blat,gmap --CPU 96; } 2>&1 |tee PASA.
log
```


  需要查看PASA.log日志，日志中打印Finished表示PASA正常结束。

  输出的结果样例如图1所示。

  图1 结果样例