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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengpicard_02_0007.html
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令拷贝用例文件并进入测试目录。

```
cp
SRR742200_1.fastq.gz
/path/to/TESTCASE
cp SRR742200_2.fastq.gz
/path/to/TESTCASE
cp GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz
/path/to/TESTCASE
cp hg19.fa.gz
/path/to/TESTCASE
cd
/path/to/TESTCASE
```


3. 执行以下命令解压算例文件。

```
gzip -d SRR742200_1.fastq.gz
gzip -d SRR742200_2.fastq.gz
gzip -d hg19.fa.gz
gzip -d GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz
```


4. 执行以下命令重命名为“hs38DH.fasta”文件。

```
mv GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna hs38DH.fasta
```


5. 执行以下命令添加BWA环境变量。

```
export PATH=
/path/to/BWA
/bwa-0.7.17:$PATH
export PLATFORM="Illumina"
export RG_ID="L1"
export LIB="pt2"
export SAMPLE=SRR742200
```


6. 执行以下命令处理用例文件。

```
bwa index -a bwtsw hg19.fa
bwa mem -t 96 -o SRR742200.sam -M -R "@RG\tID:$RG_ID\tPL:$PLATFORM\tSM:$SAMPLE\tCN:$LIB" hg19.fa SRR742200_1.fastq SRR742200_2.fastq
```


7. 执行以下命令使用Samtools工具转换格式并排序。

```
samtools view -bS SRR742200.sam > SRR742200.bam
samtools sort $SAMPLE.bam $SAMPLE.sort
```


8. 执行以下命令运行用例。

```
{ time java -jar picard.jar CollectAlignmentSummaryMetrics R=hs38DH.fasta I=SRR742200.sort.bam O=output.txt; } 2>&1 |tee picard.log
```


  运行结束后，会在当前目录下生成“output.txt”和“picard.log”文件，其中“output.txt”为结果文件，“picard.log”为运行日志。

  需要查看“picard.log”日志中的“Elapsed time”数值，单位是“minutes”，数值越少性能越优。

  输出的结果样例如图1所示。

  图1 结果样例