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title: 运行和验证
description: "1. 执行以下命令，声明Cufflinks环境。"
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 执行以下命令，声明Cufflinks环境。

```
export PATH=
/path/to/
CUFFLINKS/build/bin:$PATH
```


2. 执行以下命令，处理gtf算例。

```
gffread hg38.gtf -o- >hg38.gff3
```


3. 执行以下命令，使用Maker处理gff3算例。

```
/path/to/
MAKER
/maker/src/bin/maker2zff hg38.gff3
```


  当前目录下会生成文件：genome.ann(ZFF)和genome.dna。

4. 执行以下命令，使用fathom、forge处理算例。

```
fathom genome.ann genome.dna -categorize 1000
fathom uni.ann uni.dna -export 1000 -plus
forge export.ann export.dna
hmm-assembler.pl test . >test.hmm
```


5. 执行以下命令，解压并重命名算例。

```
gzip -d GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz
mv GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna hs38DH.fasta
```


6. 执行以下命令，进行测试。

```
{ time snap test.hmm hs38DH.fasta>snap.zff ; } 2>&1 |tee snap.log
```


  显示结果如下，则运行验证成功。